表題の件、ようやく解決しました。
上記を参考に、flex_sdk_3\frameworks\flex-config.xmlをのぞいてみると、コメントアウトされている部分に、下記のような部分がありました。参考サイトと微妙に違いますね。バージョンとか関係があるのでしょうか??
<source-path> <path-element></path-element> </source-path>
とりあえず、このなかに相対パスで指定すると、無事に通りました!
http://web.dimension-maker.info/cgi-bin/mt/webdimensionmaker/119